距离佐藤发动的恐袭已过去半年，社会对亚人的恐惧达到了顶点。政府成立了亚人管理法，强制所有亚人登记并植入定位芯片。永井圭隐姓埋名生活在北海道，试图证明亚人可以与人类共存。然而，一个新的亚人组织“永夜”出现了，他们比佐藤更极端，认为亚人是进化后的新人类，应该奴役普通人。永夜的首领拥有罕见的“分裂型IBM”，能同时操控七只黑色幽灵。当永夜开始对平民城市发动袭击，并将罪名嫁祸给永井圭时，圭不得不联合旧敌——被囚禁的佐藤，共同面对这个让亚人彻底失去生存空间的困局。
第二季的哲学思辨比第一季更深入。永夜组织的出现让“亚人是否为人”的伦理困境被推向了极致。战斗场面全面升级，七只IBM协同作战的视觉压迫感极强。永井圭的冷静理性与永夜首领的狂热形成鲜明对比，让人欲罢不能。
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